Struktur Organisasi dan Tata Kerja RSUD Kota Salatiga diatur dalam Peraturan Daerah Kota Salatiga Nomor 6 Tahun 2001 tentang Struktur organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis dan Keputusan Walikota Salatiga Nomor 19 Tahun 2001 tentang Tugas Pokok dan Fungsi BPRSUD Kota Salatiga